Bibfilex 相比 JabRef 或 KBibTex 等其他文献管理工具要落后很多，自定义功能也十分有限。其优势在于简洁、快速，尤其是在处理大量条目时，同时具备轻量级的特点：它是一个编译型软件（无需运行时环境，如 Java 虚拟机或 .NET 框架），并使用快速的数据库来存储数据。此外，Bibfilex 可原生运行于 GNU/Linux（使用 GTK 或 Qt 库）、Windows 和 macOS（使用 Carbon 库）。

Bibfilex 可以创建和管理包含大量条目（甚至数千条）的文件——这些文件本质上是条目目录。Bibfilex 的文件基于 SQLite（www.sqlite.org）数据库，这是一种广受欢迎的软件，其数据可通过互联网上各种工具轻松读取和导出。然而，Bibfilex 文件中的数据并不遵循 Biblatex 格式，因此无法在 LaTeX 文档中作为参考文献文件使用。不过，Bibfilex 可以自动或通过一键操作，将文件中的全部或部分内容导出为 Biblatex 格式的文件；该文件可直接被 JabRef 读取，也可导入 Zotero，或在 LaTeX 文档中作为参考文献引用。同时，Bibfilex 也可以直接导入 JabRef 数据库或任何具有相同结构的 Biblatex 文件。

与 Biblatex 官方手册相比，Bibfilex 对部分字段的位置进行了少量调整。在必需字段列表中，增加了人文领域有时会要求的字段，例如“出版商”、“地点”等。这样一来，所有被频繁编写的字段都会集中显示在界面的“主要字段”部分。