JMicroVision旨在描述、测量、量化和分类各类图像的组成部分。它具有直观的用户界面，功能强大，支持超大尺寸图像。JMicroVision包含不同程度自动化的工具，用于管理复杂多样的图像。
如同显微镜一般，它能够动态观察样本，并可结合多种聚焦方式或照明模式（如偏振光、荧光等）。此外，放大镜和多视图工具可同时显示多个图像，每个图像可独立缩放，同时保持中心位置一致。