尽管AmigaOS的外观和感觉仍主要基于早期的3.1版本，但有所修订，改进了基于ReAction的用户界面，提升了图标渲染效果，并正式支持真彩色背景。这些版本整合了现有的第三方GUI增强功能，如NewIcons，使其成为系统的一部分。3.5和3.9版本引入了一组新的256色图标，并提供了桌面壁纸选择。这些取代了从2.0到3.1版本一直使用的全金属灰色4/8色默认方案。主要改进包括引入名为AmiDock的程序启动栏、系统设置的用户界面重新设计以及实用程序的改进。