AmigaOS 是 Amiga 和 AmigaOne 个人电脑的专有原生操作系统，随着第一台 Amiga 电脑——Amiga 1000 于1985年推出而问世。最新版本为 Hyperion Entertainment 开发的 AmigaOS 4.1，2009年，Amiga Inc. 向其授予了 AmigaOS 3.1 的独家、永久、全球授权，以便开发和推广 AmigaOS 4 及后续版本。
AmigaOS 是一个面向单用户的操作系统，其内核采用抢占式多任务机制，称为 Exec。该系统包含对 Amiga 硬件的抽象层、一个名为 AmigaDOS 的磁盘操作系统、一个名为 Intuition 的窗口系统 API 以及一个名为 Workbench 的桌面文件管理器。系统中还集成了一个命令行界面（CLI），称为 AmigaShell，尽管该界面也完全基于窗口化设计。CLI 和 Workbench 组件拥有相同的权限。值得注意的是，AmigaOS 本身没有内置的内存保护机制。
AmigaOS 由两部分组成：一个称为 Kickstart 的固件组件和通常被称为 Workbench 的软件部分。在 AmigaOS 3.1 之前，Kickstart 和 Workbench 通常会以匹配版本一同发布。然而，自 AmigaOS 3.5 版本（即在 Commodore 公司倒闭后首次发布的版本）起，仅更新软件部分，Kickstart 的作用也有所减弱。尽管如此，仍可通过系统启动时的补丁方式对固件进行更新。
2006年，AmigaOS 4.0 被重写，使其完全兼容 PowerPC 架构。新版本支持屏幕在任意方向拖动，可在不同屏幕之间拖动 Workbench 图标，新增了 Amidock 的新版本、TrueType/OpenType 字体以及支持 DivX 和 MPEG-4 的电影播放器。
在 AmigaOS 4.1 中，新增了启动偏好设置功能，取代了原有的 WBStartup 文件夹。其他改进包括为更高分辨率屏幕配套的新图标集、新的窗口主题（包括阴影效果）、支持真正透明度的 AmiDock、可缩放图标以及具备自动更新功能的 AmigaOS。