UCSF Chimera

Avogadro 是一款功能强大的分子编辑器和可视化工具，专为计算化学、分子建模、生物信息学、材料科学及相关领域的跨平台使用而设计。

PyMOL 是一款功能强大且全面的分子可视化软件，用于渲染和动画展示三维分子结构。

Jmol 是一款免费的开源分子查看器，适用于化学和生物化学领域的学生、教育工作者和研究人员。它具有跨平台特性，可在 Windows、Mac OS X 和 Linux/Unix 系统上运行。

RasMol 是一款用于分子图形可视化、主要针对蛋白质数据银行中生物大分子结构的描绘与探索而设计和使用的计算机程序。

VMD 是一款分子可视化程序，可使用三维图形和内置脚本显示、动画和分析大型生物分子系统。

UCSF ChimeraX（简称ChimeraX）是由生物计算、可视化与信息学资源中心（RBVI）开发的下一代分子可视化程序，继UCSF Chimera之后推出。ChimeraX可免费下载，适用于学术、政府、非营利组织等用途……

RasTop 是一款基于程序 RasMol 改进而来的分子可视化软件，该程序最初由 Roger Sayle 开发。RasTop 特别适用于教学以及在实验台快速分析大分子。

Vipster 是一款功能强大且用途广泛的周期性化学结构前处理和后处理工具。它从零开始设计，专为周期性模拟而打造。