VMD - Visual Molecular Dynamics

VMD能够处理非常大的结构，其上限取决于可用内存。VMD的64位版本可将大型模拟轨迹加载到物理内存中，并支持大规模体积数据集。2013年5月30日《自然》杂志所报道的包含6400万个原子的HIV衣壳模拟，是VMD在配备适当图形工作站上所能实现的典范案例。HIV-1模型通过VMD的结构构建工具准备就绪，随后利用VMD的脚本功能进行轨迹分析。《自然》杂志封面展示的HIV-1衣壳全原子结构，是在VMD内部使用Tachyon光线追踪引擎渲染完成的，之后与病毒包膜的艺术化表现及《自然》杂志封面文字进行了合成。