VMD 可以处理非常庞大的结构，直至受限于可用内存的极限。VMD 的 64 位版本能够将大规模且长时间尺度的模拟轨迹加载到物理内存中，并支持处理大规模体积数据集。《自然》2013 年 5 月 30 日刊载的关于包含 6400 万个原子的 HIV 核衣壳模拟，正是在配备适当图形工作站的 VMD 上所能实现的典范案例。该 HIV-1 模型使用 VMD 的结构构建工具和脚本功能进行模拟准备，之后又利用 VMD 的轨迹分析功能进行后续分析。《自然》封面展示的 HIV-1 核衣壳的全原子结构，是通过 VMD 内置的 Tachyon 射线追踪引擎进行渲染的，随后将其与病毒包膜的艺术表现以及《自然》封面文字进行合成。