Doxygen 是一个用于从注释过的 C++ 源代码以及其他流行编程语言（如 C、Objective-C、C#、PHP、Java、Python、IDL（CORBA、Microsoft 和 UNO/OpenOffice 风格）、Fortran、VHDL、Tcl，以及一定程度上的 D 语言）生成文档的工具。

提供 36 个替代方案

Kaitai Struct 是一种用于二进制格式规范的正式语言，可编译为 Java、JavaScript、Python 和 Ruby 的解析器代码。

提供 19 个替代方案

Gnome 化学实用工具包含六个与化学相关的程序： GChemPaint，一个二维化学式编辑器。 一个化学计算器（可计算分子式、摩尔质量、质量组成和同位素分布）。 一个使用 OpenGL 显示分子模型的分子三维查看器。

提供 21 个替代方案

UGENE 是免费的开源跨平台生物信息学软件。

提供 25 个替代方案

RasTop 是一款基于程序 RasMol 改进而来的分子可视化软件，该程序最初由 Roger Sayle 开发。RasTop 特别适用于教学以及在实验台快速分析大分子。