UCSF Chimera 是一个功能高度可扩展的程序，用于分子结构及相关数据的交互式可视化和分析。

提供 9 个替代方案

功能全面的生物信息学工具包，适用于多种基因组分析需求，包括转录组学、变异检测、表观基因组学、宏基因组学、比较基因组学等。

QIAGEN CLC Main Workbench 适用于DNA、RNA及蛋白质序列数据分析，功能丰富多样，无需高级计算机技能！该工作台支持Windows、Mac OS X和Linux平台。

RasTop 是一款基于程序 RasMol 改进而来的分子可视化软件，该程序最初由 Roger Sayle 开发。RasTop 特别适用于教学以及在实验台快速分析大分子。