Cytoscape

Cytoscape 是一个开源软件平台，用于可视化复杂网络并将其与各类属性数据整合。它提供了大量适用于不同问题领域的插件，包括生物信息学、社交网络分析和语义网。

Cytoscape 支持分子生物学和系统生物学、基因组学及蛋白质组学中的多种应用场景： 以多种格式加载分子和遗传相互作用数据集
投影并整合全局数据集和功能注释
在这些数据之间建立强大的可视化映射
利用 Cytoscape 插件执行高级分析和建模
可视化和分析人工整理的通路数据集，如 Reactome 或 KEGG。