SnapGene Viewer 是一款革命性软件，可让分子生物学家创建、浏览和共享长达 1 Gb 的丰富注释 DNA 序列文件。

提供 30 个替代方案

DNADynamo - 适用于 Windows、OSX 和 Linux。立即下载，实现 ABI/SCF 测序片段对齐、亚克隆与质粒管理、BLAST/序列检索、序列注释及结构查看等功能，所有功能集成于一个易于使用的生物信息学软件中。

提供 26 个替代方案

UGENE 是免费的开源跨平台生物信息学软件。

提供 25 个替代方案

UCSF Chimera 是一个功能高度可扩展的程序，用于分子结构及相关数据的交互式可视化和分析。

提供 9 个替代方案

多序列比对软件。

Ridom TraceEdit 是一款跨平台的图形化DNA测序图查看和编辑工具。TraceEdit 可显示来自应用生物系统自动测序仪的色谱图文件以及 Staden SCF 格式的文件。

功能全面的生物信息学工具包，适用于多种基因组分析需求，包括转录组学、变异检测、表观基因组学、宏基因组学、比较基因组学等。

用于开放向量编辑器的 Electron 应用。此项目将开放向量编辑器网页应用打包为 Electron 工具，可在 Windows、Mac 和 Linux 上使用。

Geneious 将所有主要的DNA和蛋白质序列分析工具整合到一款革命性的软件解决方案中！

DNASTAR Lasergene 套件是我们软件产品中最强大的，包含了基因组学、结构生物学、分子生物学和克隆套件中的所有应用程序。

QIAGEN CLC Main Workbench 适用于DNA、RNA及蛋白质序列数据分析，功能丰富多样，无需高级计算机技能！该工作台支持Windows、Mac OS X和Linux平台。

RasTop 是一款基于程序 RasMol 改进而来的分子可视化软件，该程序最初由 Roger Sayle 开发。RasTop 特别适用于教学以及在实验台快速分析大分子。